求助,在docker内使用treemix镜像,引用一个.sh命令时报错

使用docker安装treemix的image,安装和数据挂载过程没有报错。

然后在正式计算前需要进行一个格式转换的操作,找到了转换脚本,将转换脚本拷贝至数据文件夹

attachments-2020-05-9AB2oREW5ec64a1430bbb.png

然后运行命令:

vcf2treemix.sh indi4treemix.noN.vcf pop_clust.txt

报错如下:

/bin/sh: vcf2treemix.sh: not found

尝试查看了一下目录结构:

attachments-2020-05-QDscJp7c5ec64c4f964a1.png

于是拷贝那个sh到/bin/sh:

mv vcf2treemix.sh /bin/sh

然后尝试提升权限,下面这条语句执行后未报错:

chmod 777 /bin/sh vcf2treemix.sh

然后再次尝试运行该.sh ,但是依然报错:

attachments-2020-05-jdtyrtai5ec64b9175914.png

于是想切换到sh目录里看看,但是还继续报错

attachments-2020-05-V30S0LIP5ec64c9394dee.png

求助该如何解决,谢谢

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最佳答案 2020-05-22 12:02

已解决,在使用该.sh文件时应该用:

bash XX.sh [inputfile 1][inputfile 2]

该文件里面调用了额外的.py脚本,用文本编辑器修改成:

python2 XX.py [inputfile 1][inputfile 2]

保存,然后再运行,通过了

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其它 1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

刚刚搜索了了一下treemix镜像是有的额,但是不是我们提供的镜像,你需要取了解一下镜像的使用,已经treemix的使用;

$ docker search treemix
NAME                DESCRIPTION         STARS               OFFICIAL            AUTOMATED
calkan/treemix                          0
$ docker pull calkan/treemix

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