mcscanX分析时用的是蛋白比对,在筛选基因家族串联重复基因对的时候未筛到,用了课程里的筛选方法,发现用的是CDS比对,我想问下哪个更准确???筛选结果不一样~
...CA分析、GWAS关联分析等等。因此了解VCF文件格式及其记录结果的意义非常重要。VCF文件其实是文本文件,可以用Windows当中文本编辑器软件打开,比如editplus等。由于VCF文件往往很大(通常超过1G),在Windows系统下直接打开会消耗...
...iquxulie.pl Ginkgo_biloba.HiC.genome.fasta gene_weizhi.txt gene_weizhi.fa 结果出现提示:Substitution loop at /usr/share/perl5/Bio/SeqIO/fasta.pm line 142, <GEN0> chunk 1 打开gene_weizhi.fa,发现没有提取出来 请看图片: 命令行: 提取的序列:
结果文件生成了,但是里面没有引物生成,只有表头
...的某个赖氨酸上,在泛素途径中具有重要的作用。 文章结果内容 1. 水稻中U-box E3泛素连接酶(OsPUBs)染色体分布 2008年li-rong-zheng等已经报道了在水稻中鉴定的77个U-box E3泛素连接酶基因(OsPUBs),但基因家族分析内容涉及不是...
...的信息反馈,如需求拆分反馈、任务执行反馈、代码编译结果、测试结果、发布验证结果等。 CORNERSTONE为以上信息提供统一的信息管理与分析平台。对于代码编写之前的阶段提供如敏捷协同的工作协同管理模块,以记录需求、...
...因组中ARF成员的存在缺失热图 #绘制存在缺失热图(结果保存在PAV_heatmap.pdf里面) Rscript $scriptsdir/PAV_heatmap.r -i PAV_draw.list -sp 26
先把gene 搜索替换成mRNA,再参考这里修改一下: 可以参考这里:https://www.omicsclass.com/article/816
没有做任何修改,全靠 对话AI,利用AI给的R代码绘图结果,还是不错的: 这是对话链接大家可以看看:https://www.doubao.com/thread/w1d46b45b18549316
...采取平均值法多弄两个样本出来,请问这样可以吗?会对结果有什么样的影响呢?
...ULL) #运行R包 dir:工作路径 filegen:输入文件 chr:结果中染色体选择,可以选择"all",计算并输出全部染色体;可以选择c(7,8),计算并输出7、8号染色体。 color:相邻染色体赋予不同颜色进行区分。 CLO:cpu数目。NULL表示...
...该软件包不支持对Primary Site的筛选。既然GDC官方网站上能显示出Primary Site,那肯定会有一个字段对应这个信息。 我再看了一下GDC的官方API文档,通过调用API,是可以拿到样本的“Primary Site”, 但是采用官方的API比较麻烦。最后...
...方法如下图所示: 对junction reads 进行定位聚类并绘制结果图,下图中绿色表示junction reads在插入位点左侧,紫色的在位于插入位点右侧。一般会出现三种情况: A:表示最理想的结果,在插入位点左右两侧找到junction reads clus...
...侠,你的这个基因家族的序列是怎样下载下来的?是直接搜索MYB逐一下载,还是通过结构域批量筛选,或是还有什么便捷的方法能够把这个物种中基因家族的序列下载全的?请大侠赐教,不胜感激。