...过滤，这一步 过滤 掉该组所有样本都为0的otu是不会影响结果的吧？
老师，您好。关于QTL-seq有些问题想请教下：（1）给出结果中95%和99%的置信区间具体是怎么计算的？（2）候选基因是在超出阈值线的区域吗？如果都没有超出，该如何解决，能否适当降低阈值，比如设90%置信区间，该怎么计算。...
...工作目录 setwd(work_dir) # 下载基因表达量，count数格式的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",projects)) FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","Gene_HTSeq_Counts",".rda") # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, ...
...说明： -c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件： Gene SymbolLocus IDCytobandTCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01ACAP31169831p36.33-0.0010.0020.0090.0150.0...
老师用kegg官方的KofamKOALA进行组装后cds.fa的kegg功能注释和kegg 2000刀收费版下载下来的kegg注释有啥区别。课程里的eggNOG里的KEGG注释和收费的KEGG注释差距大吗，对富集结果影响大吗？
我看人家文献中都单独测了sRNA,然后用sRNA测序结果做后续预测分析。但我先只有total rna测序数据，不知道还能比能做miRNA预测分析？
做的是NBS-LRR基因家族的鉴定，把CNL亚家族和RNL亚家族一起建树，结果图上分不成CNL和RNL两个独立的分支，外类群找的是TNL亚家族的两条序列，有人可以帮解答一下吗，会非常感谢
我这边有一株杂倍体酵母（出发菌株），以S288C作参考基因进行了重测序。还有一株它的突变体。那么突变体进行重测序的时候是以S288C为参考，还是以出发菌拼接后的基因组为参考呢，哪种测序结果更准确呢？
....txt" or die "$!"; #这个文件是blast输出并经过筛选的结果。 my @read=<IN>;foreach (@read){ $count++; if(/^[^#]/){ my @a = split /\t/,$read[$count]; $ID{$count}{$a[0]}=1; $ID{$count}{$a[1]}=1; }}close (IN);#print Dumper(\%ID);for my $con(keys %ID){ whi...
...-indels |gzip - > clean.vcf.gz这里的参数调整以后，直接影响结果的大小比较，比较迷茫，如何根据自己的数据去调整合适的参数大小
...查询不同物种之间的分化时间。以单子叶和双子叶的查询结果为例子展示该网站的结果。 ① 一个中位时间和矫正之后的时间，都是160百万年，这里还给了个范围，就是142.1-163.5百万年，自己标定的话在这个时间范围内都可以 ...
...据在各个数量级上的分布更加均匀，便于观察和分析。 结果如下： 2. 特定尺度变化——自己写一些简单函数进行转换 原始数据： 代码： # 自定义正向变换函数custom_transform <- function(x) { ifelse(x <= 100, x, ifelse(x <= 150...
...s://study.omicsclass.com/index BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持 ...
...就可以了。 可以将该网页添加到收藏夹，方便以后查看结果。
...*\-[A-Z]*//'|sed 's/length=[0-9]* /\n/'>cDNA.fa 原始序列文件： 结果序列文件：