基因序列提取失败

老师,您好,

我在用脚本提取基因序列的时候遇见一个问题,

所有命令是:perl script/tiquxulie.pl Ginkgo_biloba.HiC.genome.fasta gene_weizhi.txt gene_weizhi.fa

结果出现提示:Substitution loop at /usr/share/perl5/Bio/SeqIO/fasta.pm line 142, <GEN0> chunk 1

打开gene_weizhi.fa,发现没有提取出来


请看图片:

命令行:

attachments-2019-08-EN2y5QiD5d444a06a3d4f.jpg


提取的序列:

attachments-2019-08-V7FYpywV5d444a1113f96.jpg

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看一下这个gene_weizhi.txt 文件的第一列染色体 是否存在于这个文件中:Ginkgo_biloba.HiC.genome.fasta  

如果不存在肯定提取失败。

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lord of king - 老师

非常感谢老师的解答!attachments-2019-08-jwzqGZR55d5eb029ac5b2.jpg我查看了一下,里面有Chr1,不知道什么原因,敬请老师解答一下。非常感谢

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