5 进化树构建

你好,想请教大侠问题,我想构建跟你差不多的这个进化树,拟南芥MYB的,但是下载的100多条数据进行构树时,总提示错误,大概意思就是找不到相似序列大概是序列相似性低,或长短差异太大,但删掉gap后还是一样的过不去,怀疑是不是我下载序列的问题。想请教大侠,你的这个基因家族的序列是怎样下载下来的?是直接搜索MYB逐一下载,还是通过结构域批量筛选,或是还有什么便捷的方法能够把这个物种中基因家族的序列下载全的?请大侠赐教,不胜感激。

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

提问注意,不知道你说的是谁,怎么提取的MYB序列?

序列差异较大,你仔细检查,是不是差异太大。继续删除GAP: https://www.omicsclass.com/article/221

如果差异太大,你可以截取myb结构域构建进化树;

搜索序列可参考:https://www.omicsclass.com/article/553     或者:  https://www.omicsclass.com/article/50


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