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文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...=116.3 on 24 df, p=4e-14 n= 304, number of events= 60 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我们的TCGA相关课程: 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《WGCNA加权基因共表达网络分析》 《GEO芯片数据挖掘》 《GSEA富集分析》

问题 老师您好,我按照GEO芯片数据挖掘课堂上所讲的内容,通过网站直接下载了葡萄GSE = "GSE36128"和 GPL = "GPL13936",如何能通过避免代码下载的方式获得expressionMatrix.csv,sampleTreatmentdetail.csv以及platformAnnotation.csv这三个文件?

问题 老师您好,我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析,在GWAS分析之前,可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗?要是可以的话,重测序所需要的fastq格式的怎么弄,我现在只有基因型的格式(txt)

问题 我现在有公共数据库其中500+种子,自己测了这种品种的一些表型,要做GWAS分析的话,请问老师,是通过下载fastq文件,自己组装拼接,然后比对到参考基因组上,然后获得这500个品种的VCF文件,然后进行GWAS分析吗?

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...性与男性的风险比(HR)。性别的β系数= -0.53表明在这些数据中,女性的死亡风险(低存活率)低于男性。 危害比例。指数系数(exp(coef)= exp(-0.53)= 0.59)也称为风险比,给出协变量的效应大小。例如,女性(性别= 2)将危...

问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...piens.GRCh38_release104.genome (ERR): hisat2-align exited with value 1 数据用的是trim_galore进行数据过滤的,Hisat2已经构建好索引,1/2指定路径准确,fq.gz文件完整,改SRR1039508根据SRA数据库得知为双端测序,但是一直是这样的错误,不知道怎...

文章 多基因组基因水平共线性分析

...ks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks 筛选关注的区域进行展示,这里展示前50列: $ head -50 grape.blocks > blocks2 blocks2文件格式如下: GSVIVT01012261001 . . GSVIVT01012259001 ppa005716m . GSVIVT01012258001 . . GSVIVT01012257001 ppa...

文章 将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

...件:meme.xml,提供对应基因蛋白序列的motif结构信息 导入数据与设置 打开软件,点击上方Others——BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 进入数据导入界面(见下图A)。绘制三图合一,只需要输入三个文件即可,分...

问题 老师您好,我用您线下课给的TCGA生存分析cox模型代码时,在外部验证时,外部验证的数据集整体表达水平偏高,会不会导致risk值整体偏高,那么cut_value怎么去确定呢?进而分为高低风险组呢?

我看到有的文章使用的表达之经过Zscore,我想问下老师您对这样的方法有了解嘛?谢谢老师!

文章 STAR比对软件的使用

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 简单的蛋白质组实验怎么炼成4分文章

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 单细胞转录组测序简介

...基因表达的均值,由于单个细胞之间存在异质性,这样的数据丢失了细胞与细胞之间的差异信息。而单细胞技术能够检测到混合样品内单个细胞的表达谱,弥补了传统测序技术的缺陷。注:单细胞测序技术示意图 目前的单细胞测...

文章 利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

...区域是否受到选择。这里要用玉米材料的群体基因组变异数据和大刍草群体基因组变异数据,并且大刍草的样本和玉米的样本都是回帖在同一套参考基因组上。去年发表的一篇文章,整理了很多前人已经测序的玉米和大刍草样本...

问题 参考图片

想问一下您“GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析”这篇文章里的最后一个图片出自哪个文献啊?想参考一下。谢谢

问题 用tiquxulie.pl时,出现报错: 提取的序列长度大于序列总长??

...示,第二列并不是某一条染色体,我想是我的樱桃基因组数据组装的原因,我想请问,这种情况还能继续往下做分析吗?第二列数据是代表什么呢?   我继续使用tiquxulie.pl时,出现下图报错: 如图所示,我看我的问题是提...