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文章 多基因组基因水平共线性分析

...ks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks 筛选关注的区域进行展示,这里展示前50列: $ head -50 grape.blocks > blocks2 blocks2文件格式如下: GSVIVT01012261001 . . GSVIVT01012259001 ppa005716m . GSVIVT01012258001 . . GSVIVT01012257001 ppa...

文章 一个助你快速阅读英文文献的小插件

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪?需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接(链接:https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码:5ls1)

use strict; use warnings; print STDERR "gene symbol column number: "; my $geneSymbolCol=<STDIN>; chomp($geneSymbolCol); $geneSymbolCol--; my $expFile="probeMatrix.txt"; my $gplFile="ann.txt"; my $expFileWF="geneMatrix.txt"; my %hash=(); my @sampleName=(); open(EXP,"$expFile") or d...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪?需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接(链接:https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码:5ls1)

use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN>;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expFile="probeMatrix.txt";my $gplFile="ann.txt";my $expFileWF="geneMatrix.txt";my %hash=();my @sampleName=();open(EXP,"$expFile") or die $!; open(PL,"GEOimmun...

文章 水稻根际微生物多样性分析

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 NCBI基因组数据格式修改

绝大数生信分析都要用到参考基因组数据,但有些基因组的数据会让人十分头疼,例如NCBI上的基因组数据。 其gff文件是这样的: 什么基因ID、染色体编号都是有自己命名规则的,跟我们通常用到的完全不一样。遇到这种情...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...=116.3 on 24 df, p=4e-14 n= 304, number of events= 60 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我们的TCGA相关课程: 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《WGCNA加权基因共表达网络分析》 《GEO芯片数据挖掘》 《GSEA富集分析》

问题 老师您好,我按照GEO芯片数据挖掘课堂上所讲的内容,通过网站直接下载了葡萄GSE = "GSE36128"和 GPL = "GPL13936",如何能通过避免代码下载的方式获得expressionMatrix.csv,sampleTreatmentdetail.csv以及platformAnnotation.csv这三个文件?

问题 老师您好,我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析,在GWAS分析之前,可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗?要是可以的话,重测序所需要的fastq格式的怎么弄,我现在只有基因型的格式(txt)

问题 我现在有公共数据库其中500+种子,自己测了这种品种的一些表型,要做GWAS分析的话,请问老师,是通过下载fastq文件,自己组装拼接,然后比对到参考基因组上,然后获得这500个品种的VCF文件,然后进行GWAS分析吗?

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...性与男性的风险比(HR)。性别的β系数= -0.53表明在这些数据中,女性的死亡风险(低存活率)低于男性。 危害比例。指数系数(exp(coef)= exp(-0.53)= 0.59)也称为风险比,给出协变量的效应大小。例如,女性(性别= 2)将危...

问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...piens.GRCh38_release104.genome (ERR): hisat2-align exited with value 1 数据用的是trim_galore进行数据过滤的,Hisat2已经构建好索引,1/2指定路径准确,fq.gz文件完整,改SRR1039508根据SRA数据库得知为双端测序,但是一直是这样的错误,不知道怎...

文章 将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

...件:meme.xml,提供对应基因蛋白序列的motif结构信息 导入数据与设置 打开软件,点击上方Others——BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 进入数据导入界面(见下图A)。绘制三图合一,只需要输入三个文件即可,分...

问题 老师您好,我用您线下课给的TCGA生存分析cox模型代码时,在外部验证时,外部验证的数据集整体表达水平偏高,会不会导致risk值整体偏高,那么cut_value怎么去确定呢?进而分为高低风险组呢?

我看到有的文章使用的表达之经过Zscore,我想问下老师您对这样的方法有了解嘛?谢谢老师!

文章 STAR比对软件的使用

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...