STAR比对软件的使用
1. 下载安装（linux）
wget -c https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.3a.tar.gz
tar -xvzf 2.7.3a.tar.gz
cd STAR/source
make STAR
2. STAR的使用
分为两部分：建索引和序列比对
（1）建索引
STAR --runThreadN 6 \
--runMode genomeGenerate \
--genomeDir GRCm38 \
--genomeFastaFiles GRCm38.p5.genome.fa \
--sjdbGTFfile gencode.vM13.annotation.gtf \
--sjdbOverhang 125
参数说明：
--runThreadN：设置线程数，线程数越大越占内存
--runMode：运行模式，默认为比对，第一步一定要设置。
--genomeDir：生成的索引文件输出目录
--genomeFastaFiles：基因组fasta文件
--sjdbGTFfile：GTF注释文件
--sjdbOverhang：reads长度减1
构建成功后会在指定的输出目录下生成如下文件：
（2）序列比对
STAR--genomeDir SNP_Analysis/genomeDir \
--readFilesInsample1.clean.fq.gz sample2.clean.fq.gz \
--runThreadN4 \
--sjdbOverhang 125 \
--readFilesCommand zcat \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--twopassMode Basic
参数说明：
--runThreadN：设置线程数，线程数越大越占内存
--genomeDir：生成的索引文件输出目录
--readFilesIn：原始测序文件
--sjdbOverhang：值为测序read的长度减1，是在注释可变剪切序列的时使用的最大长度值
--readFilesCommand：读文件的命令,说明gz结尾的压缩文件
--outSAMtype：输出文件格式（默认输出排序的BAM文件）
--twopassMode：(None/Basic）为了发现更加灵敏的new junction，建议使用2-pass mode，其能增加检测到的new junction数目，使得更多的splices reads能mapping到new junction
运行过程：
输出文件：
参考文章：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23104886/
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- 发表于 2020-12-17 10:54
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- 分类：软件工具
