老师您好，我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析，在GWAS分析之前，可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗？要是可以的话，重测序所需要的fastq格式的怎么弄，我现在只有基因型的格式（txt） - 组学大讲堂问答社区

老师您好，我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析，在GWAS分析之前，可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗？要是可以的话，重测序所需要的fastq格式的怎么弄，我现在只有基因型的格式（txt）

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分类：GWAS

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2022-03-07 11:32

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

芯片的数据也可以生成VCF文件，因此不需要fastq文件，

你做的芯片数据，让公司直接给你变异结果SNP文件即可，最好以VCF文件格式给你，这样你就可以直接用于GWAS或者群体遗传进化分析

吕哈哈 2022-03-07 12:18

老师，我转化成了VCF格式，但是运行不成功唉

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吕哈哈 提出于 2022-03-05 13:17