bwa-mem2是指令集优化版bwa mem，它产生与bwa相同的对齐，并且速度约为1.3-3.1倍，具体取决于用例、数据集和运行机器，近期的版本极大降低了内存和存储使用量（使用了FM-index，和 8x compression） 最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的...
问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA" 相同行出现非paired reads情况，导致比对出错 问题解决：采用bbmap进行f...
HECIL(Hybrid Error Correction of Long Reads using Iterative Learning): 这是一款基于二代数据比对，采用迭代学习的方法对pacbio 等长读长序列进行纠错的软件。该软件的第一作者居然是来自IBM。 1. 软件的安装 安装比较简单，从github 上下载...
基因组重测序docker镜像已经更新2.0： 1.主要是一些软件升级到最新如：fastp，samtools，bwa，GATK ,一些R包等 2.GATK 更新到4.4.0.0，更新群体大规模Call SNP方法； 3.更新大样本量，并行运行讲解 4.其他代码优化等 使用方法： docker ...
文件：全基因组二代测序双端fastq文件，参考序列fasta文件 目的：筛选出能比对到参考序列的reads，形成新的fastq文件 使用软件：BWA，Samtools 一、构建索引 bwa index ref.fasta可选参数:-p 索引文件前缀名-a bwtsw :参考基因组大于2G...
想做生物信息分析，但不知道怎么入门？先来搭个环境吧！想分析数据，但是分析不了？先来搭个环境啊！搭建好环境，后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows，而很少使用Linux，然而做生物信息分析是需要用Linux...
一、测序数据比对到目标序列，并提取比对到的reads，得到fsatq文件 1.二代数据比对 bwa-mem2 #检索引并比对bwa-mem2 index reads.fabwa-mem2 mem -t 20 reads.fa 1.clean.fq.gz >alignment.sam#sam文件转化为bam文件samtools sort -@ 4 -O bam -o align1.sorted.ba...
GSDS网站有时候打不开，可能服务器没有人维护，原网站：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php 备用网站：http://gsds.gao-lab.org/index.php 这里为了方便大家使用GSDS，绘制基因结构图，组学大讲堂免费提供一个镜像使大家可以在自己的电...
使用aimhii跑外源插入时报以下错误： #python aimhii -r bwa.fa --maxgap 5000 --outfile results.csv --fqtype illumina --threads 10 -t aimhii_output --plot readplot Zea_mays.dna.toplevel.fa adapter.fa 506DNA_1.clean.fq.gz 506DNA_2.clean.fq.gz/share/work/biosoft/pyth...
（Premature ovarian failure POF）通常是指女性40岁之前闭经（原发性或继发性），约1%-4%的女性患有此病，症状表现为低雌激素症状（即潮热，阴道干燥，过早性骨质疏松症）。 POF在遗传上是异质的，确定的与之相关的基因很少，并...
序列比对（将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对）是高通量测序数据分析中最重要的一环，无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件，例如转录...
Samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组Tophat分析软件输出...
最近看到一篇文章:《完全用Linux工作》感触挺深； 原文地址：https://www.douban.com/group/topic/12121637/ 文章很长，为节约大家的时间，在此总结一下我觉得有意思的观点： 1.你想想如果你没有用过 windows，你肯定会很习惯 /etc, ...
Natural-killer/T-cell lymphoma (NKTL)是non-Hodgkin lymphoma的一个罕见种类，表现出独特的地理分布，与西方相比，亚洲的患病概率更高。早期发现这种疾病有治愈的可能，但晚期NKTL的预后都不理想。本文介绍作者如何利用外显子测序发现...
基因组比对是生物信息学中非常重要的任务，对于研究物种的演化、基因的功能和结构以及疾病的发病机制都有很大的帮助。基因组比对的过程一般包括以下几个步骤： 1.序列获取： 首先需要获取需要比对的基因组序列，这可...