文章 bwa-mem2的用法

bwa-mem2是指令集优化版bwa mem，它产生与bwa相同的对齐，并且速度约为1.3-3.1倍，具体取决于用例、数据集和运行机器，近期的版本极大降低了内存和存储使用量（使用了FM-index，和 8x compression） 最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的...

问题 染色体挂载，bwa比对问题

您好，根据基基因组装与注释课程，我在做自己物种染色体挂载时，使用bwa aln 和bwa sampe 参数，提示 Unmatched SAI magic. Please re-run `aln' with the same version of bwa. 重装软件也不管用，这种情况怎么解决？

问题 bwa比对

单个样本有加测数据，bwa比对时候代码也能直接用吗？$BWA_INDEX  $workdir/data/clean/W${i}A/*1.fq.gz \         $workdir/data/clean/W${i}A/*2.fq.gz -t ${THREADS} -M \

问题 BWA比对报错

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG

问题 重测序bwa之后排序报错

老师，您好，在进行bwa分析之后，其中一个样本无法进行排序，其他样本都可以，报错如附图，请问是什么原因？

问题 老师 您说bwa比对哪里 能正常生成，就是在allhic对congtig分group那一步一直出错，我把bwa比对生成文件截图放后面了 老师您看一下

话题 bwa

话题 map bwa

问题 bwa合并文件后读取报错，怎么处理

问题 请问进行基因组比对BWA软件如何安装

问题 基因组组装和注释镜像中bwa报错

问题 map bwa出错

命令是根据我自己的样本名字改的：bwa mem  $BWA_INDEX  $workdir/2.data_qc/${i}.man_1.clean.fastq \     $workdir/2.data_qc/${i}.man_2.clean.fastq -t 2 -M \      -R "@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}" \       |samtools view -bS -h - > $workdir/3.map/bwa/${i}.bam...

问题 重测序批量循环样本比对bwa

老师您好，重测序有1000多样本，用课程里循环的方式太麻烦了，而且我的数据都不在一个文件夹，数据的命名规则也不一致，目前已经将样品名，双端数据都整理在一个list里了，有没有相关脚本来替换课程的循环脚本？  课程...

问题 ALLHIC1挂载出现问题

...LHIC软件挂载的时候，用如下命令：PreprocessSAMs.pl   sample.bwa_aln.sam draft.asm.fasta DPNII。但是运行的时候，出现报错。报错如下：  Wed Jul 23 15:32:05 2025: PreprocessSAMs.pl: samtools view -bS sample.bwa_aln.sam -o sample.bwa_aln.bam       2 /share/work/bio...

问题 染色体挂载使用的是大讲堂的镜像，bwa出现报错