GSDS网站docker镜像本地构建

GSDS网站docker镜像本地构建

GSDS网站有时候打不开,可能服务器没有人维护,原网站:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php   备用网站:http://gsds.gao-lab.org/index.php 

这里为了方便大家使用GSDS,绘制基因结构图,组学大讲堂免费提供一个镜像使大家可以在自己的电脑上搭建一个GSDS网站,这样就永远不会打不开网站了,具体方法如下:


搭建网站系统环境:
操作系统:win10教育版,
docker:docker桌面版本


docker学习安装使用课程见:


attachments-2020-07-NLTs9tMF5f1119fea82b4.png

1.下载组学大讲堂提供的专门为GSDS定制的docker镜像

> docker search omicsclass   #搜索镜像
NAME                           DESCRIPTION                                     STARS               OFFICIAL            AUTOMATED
omicsclass/gene-family         gene-family analysis docker image               4
omicsclass/rnaseq              RNA-seq analysis docker image build by omics…   3
omicsclass/reseq               whole genome resequence analysis                1
omicsclass/blast-plus          blast+ v2.9.0                                   0
omicsclass/biocontainer-base   Biocontainers base Image centos7                0
omicsclass/isoseq3             isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass              0
omicsclass/bwa                 BWA v0.7.17 build by omicsclass                 0
omicsclass/samtools            samtools v1.10 build by omicsclass              0
omicsclass/blastall            legacy blastall v2.2.26                         0
omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0
omicsclass/ampliseq-q2         Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image        0
omicsclass/bsaseq              NGS Bulk Segregant Analysis image               0
omicsclass/ampliseq-q1         Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image         0
omicsclass/gwas                gwas analysis images                            0
omicsclass/gsds-v2             GSDS 2.0 – Gene Structure Display Server        0
> docker pull omicsclass/gsds-v2  #下载镜像

2.下载GSDS网站源代码下载:gsds_v2.zip  ,然后解压文件到一个目录:

我这里解压到了:D:\gsds_v2
attachments-2020-07-7NJD04ns5f1d9d50ce591.png

3.启动docker镜像:

> docker images    #查看后台镜像
REPOSITORY               TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
omicsclass/gsds-v2       latest              d77e054c3744        8 hours ago         2.54GB
mattrayner/lamp          latest              05750cfa54d5        5 days ago          915MB
omicsclass/bsaseq        latest              d5ed7a70bfc8        13 days ago         9.77GB
omicsclass/reseq         v1.1                da154448a90f        4 weeks ago         8.83GB
omicsclass/gene-family   v1.0                2d1d640726dd        3 months ago        4.53GB
> docker run -d -p 80:80 -v D:\gsds_v2\:/app omicsclass/gsds-v2:latest          #后台启动docker网站服务器,注意目录映射-v 参数, 解压的目录D:\gsds_v2


4.打开网站使用本地GSDS网站:

网站本地地址:127.0.0.1   ,如果网站没有打开,可以稍等一下,后台服务启动需要时间;

attachments-2020-07-qWN3uwfW5f1d9dddd6646.png


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10.全部课程可点击:组学大讲堂视频课程

  • 发表于 2020-07-26 23:16
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  • 分类:软件工具

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