bwa-mem2的用法

bwa-mem2( https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2 )

bwa-mem2是指令集优化版bwa mem,它产生与bwa相同的对齐,并且速度约为1.3-3.1倍,具体取决于用例、数据集和运行机器,近期的版本极大降低了内存和存储使用量(使用了FM-index,和 8x compression)

最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的性能增强主要由英特尔并行计算实验室的Vasimuddin Md(@yuk12)和Sanchit Misra(@sanchit-misra)完成。Bwa-mem2在麻省理工学院许可证下分发。


构建索引

bwa-mem2 index [-p prefix] <in.fasta>


比对

bwa-mem2 mem [options] <idxbase> <in1.fq> [in2.fq]


-o 指定输出文件

-t 指定线程数

也可以直接在末尾使用 > and 2>来输出sam文件和log日志

–M 可以兼容Picard

-R 可以指定read group头部,可被添加到输出文件头部

  • 发表于 2023-01-11 13:07
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  • 分类:软件工具

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