按照你的方式添加了，但是他的cds 文件中没有基因id ，加了也提取不出来啊，应该要修改一下脚本的吧，
老师，请问我在做基因组间共线性分析，我的gff 文件，和cds 文件格式如下，如何修改这两个脚本文件get _gene _bed.pl和get _fa _by _bed. pl ，才能提取成功进行下一步分析，谢谢！！
2 个回答
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS
1.你看下你的CDS序列ID在不在GFF里面，检查一下；如果不在说明两个文件有问题。
2.你的GFF文件第三列只有mRNA信息，缺失GENE信息建议添加一下：https://www.omicsclass.com/article/816
如果检查完毕，就可以继续往下分析了；
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