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原核细菌转录组建库方式？
由于原核生物的mRNA没有polyA，所以无法通过polyA的方式建库。 所以只能通过总RNA建库的方式，但是总RNA中核糖体RNA的比例很高，所以得先去除核糖体RNA，再进行建库。 另外，由于原核生物的基因组较小，基因比较密集，如果采用普通建库方式，则再定量时准确度会很低，所以需要采用链特异性文库进行测序。 总的来说，原核...
回答于 2019-06-14 08:44
如果做想做基因家族分析，需要依据哪些基本原则？
1、在自己研究的物种内最好没有文章发表，避免重复； 2、尽可能的能和后续的研究有所关联，或者有些特殊的意义，便于后续讨论，比如和抗逆胁迫相关的基因家族。
回答于 2019-05-24 15:54
转录组测序中差异基因过多时可以进一步筛选阈值么？
可以，我们可以进一步调整倍数和FDR值。不过一般不建议继续调整，差异倍数小不见得没有意义，倍数大叶不见得有意义，还得通过各个数据库的注释信息进一步筛选差异基因是比较可靠的。
回答于 2019-05-17 12:11
RIL群体的基因型分离比例多少？构建遗传图需要多大群体？
RIL群体只存在两种基因型，且分离比为1:1。一般使用RIL群体时，群体大小在150-200左右性价比较高，在需要做QTL定位时可以根据初定位结果进一步扩大群体或者选择其他方法来缩小定位区间。
回答于 2019-05-10 09:20
三代全长转录组pacbio平台和nanopore平台的却别？
1、pacbio平台在RNA测序方面更加成熟稳定 2、pacbio平台的测序准确率比nanopore高一些 3、pacbio平台的测序成本也会高出不少
回答于 2019-04-26 17:57
提取好的RNA一般能保存多久
不同材料提取的RNA保存时间长短不一，具体和材料的处理情况、材料本身的情况有关。当然，保存条件也要尽量控制在-80，甚至可以液氮保存组织材料，用的时候再提取。
回答于 2019-04-26 17:53
三代全长转录组推荐测多少数据？
三代只定性不定量，由于现在pacbio测序都是一个全片段文库，所以一般来说，测10-15G数据就足够了，没有必要多测。除非你可以多建几个大小不同的文库，每个文库测不同的部位/组织等，这样可以加大测序量，但是相应的成本增加好多。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单...
回答于 2019-04-11 13:06
三代全长转录组测序中，一个cell可以混不同的样品么？
不可以的，全长转录组测序，一个cell只能测同一个样品的同一个文库。 不同的样品混起来会造成数据产出不均匀、或某个样品产出不足。 另外，文库大小不同时，混起来测序会造成小片段文库的数据异常的多。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家...
回答于 2019-04-04 15:33
环状RNA分析中，在比对时为什么采用BWA比对方法，而不是采用Bowt...
为了检测到更多的环状RNA，采用了BWA进行比对，同时，在环状RNA鉴定时，CIRI需要利用BWA-MEM算法进行序列比对，寻找Junction Reads，然后根据支持剪切位点的GT-AG信号的Junction Reads作为识别circRNA的依据，利用动态规划算法来检测circRNA。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发...
回答于 2019-04-04 15:29
有参转录组做完之后，如何通过基因ID对应基因名称？
可以在相应的基因组下载网站下载该物种基因组的GFF文件，然后根据GFF注释信息里的基因ID对应出基因名称。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解...
回答于 2019-04-04 15:26