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某物种没有基因组，做了转录组（RNA-seq）,蛋白组（ITRAQ），要...
没有基因组的话，分析基因家族，就得以转录组构建的unigene库做为参考进行家族基因鉴定。方法和有基因组的是一样的，只是说有些分析内容做不了。如果有兴趣的话可以购买我们的课程，没有linux基础的话，建议同时学习一下linux这门课程： 基因家族 https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=1&am...
回答于 2020-04-02 08:37
转录组测序mapping值较低
这是主要是由于你做转录组的材料和已测基因组的材料亲缘关系较远，有较大差别造成的。既然这个物种有多个参考基因组，可以让公司都给试试，看看哪个比对效率高用哪个。 另外，比对效率一般来说能有70以上就可以了，60也可以使用。太低的话就不行了。
回答于 2020-02-02 16:04
无参转录组的组装的unigene数量比基因组测序出来的数量多，是因...
这个有多方面的原因， 1. 基因组测序，由于有大片段文库，能知道序列间的相互位置，预测的基因结构会准确好多 2. 无参转录组denovo 组装的话，就不行，一个基因，两个不同的转录本，如果差别比较大的话，组装软件就没办法认为是一个基因，而认为是两个 3. 同时，无参转录组denovo 组装的话，如果遇到重复序列，是无法...
回答于 2019-07-12 17:24
原核细菌转录组建库方式？
由于原核生物的mRNA没有polyA，所以无法通过polyA的方式建库。 所以只能通过总RNA建库的方式，但是总RNA中核糖体RNA的比例很高，所以得先去除核糖体RNA，再进行建库。 另外，由于原核生物的基因组较小，基因比较密集，如果采用普通建库方式，则再定量时准确度会很低，所以需要采用链特异性文库进行测序。 总的来说，原核...
回答于 2019-06-14 08:44
如果做想做基因家族分析，需要依据哪些基本原则？
1、在自己研究的物种内最好没有文章发表，避免重复； 2、尽可能的能和后续的研究有所关联，或者有些特殊的意义，便于后续讨论，比如和抗逆胁迫相关的基因家族。
回答于 2019-05-24 15:54
转录组测序中差异基因过多时可以进一步筛选阈值么？
可以，我们可以进一步调整倍数和FDR值。不过一般不建议继续调整，差异倍数小不见得没有意义，倍数大叶不见得有意义，还得通过各个数据库的注释信息进一步筛选差异基因是比较可靠的。
回答于 2019-05-17 12:11
RIL群体的基因型分离比例多少？构建遗传图需要多大群体？
RIL群体只存在两种基因型，且分离比为1:1。一般使用RIL群体时，群体大小在150-200左右性价比较高，在需要做QTL定位时可以根据初定位结果进一步扩大群体或者选择其他方法来缩小定位区间。
回答于 2019-05-10 09:20