omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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请问这是怎么回事，S那个文件里有那个Get文件

前面有个变量$scripts没有设置，你设置一下：source env.sh 或者SH文件最开头几行代码你么有运行

回答于 2023-11-01 17:14

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什么系统里面的docker？ windows下的docker可能由于软件编译的原因出错：core dumped

回答于 2023-11-01 14:13

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NCBI上下载的基因组GFF文件格式不标准，导致程序出错，建议到其他网站下载基因组相关文件再试试

回答于 2023-11-01 14:12

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NCBI上下载的基因组GFF文件格式不标准，导致程序出错，建议到其他网站下载基因组相关文件再试试；

回答于 2023-11-01 14:12

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把fastq文件cat到一起，比对一个bam文件即可；

回答于 2023-11-01 14:09

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压缩的，你解压一下试试；

回答于 2023-10-31 11:49

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$gff 这个变量没有设置吧，你看看全面有没有命令漏掉了，没有运行；

回答于 2023-10-31 11:48

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可以到一下基因组数据库查找下载：https://www.omicsclass.com/article/58 https://www.omicsclass.com/article/50

回答于 2023-10-31 08:32

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用的是示例数据吗？如果不是，自己的数据大，需要更多内存，这个可以设置一下：-Xmx5G 如果是windows中运行docker需要设置内存：https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2023-10-31 08:29

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可以，但是你需要把要用到的软件都安装一下，并且添加到环境变量中，设置配置好；有了docker就不用配置软件环境了；

回答于 2023-10-31 08:27