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在建立索引时出错，输出文件都是0KB
显示killed，数据量大，需要电脑内存足够才行，不然系统会自动杀死：https://www.omicsclass.com/article/1413
回答于 2023-12-16 22:28
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非模式物种功能注释与GO KEGG富集分析遇到问题
这个脚本会自动对gff文件排序等整理，你看看所有的染色体ID有没有少即可； 你打开gff文件搜索检查一下看看
回答于 2023-12-15 09:50
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在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，获得的fastq文件合并...
文件合并看看这里：https://www.omicsclass.com/question/6317
回答于 2023-12-15 09:48
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call snp
任务快慢与否不仅和内存有关，还和CPU性能有关，如果有大量数据读写还和硬盘读写速度有关； xmx只是限制最大使用内存，并不是程序真正使用内存； 这一步gvcf内存对速度影响不大
回答于 2023-12-13 20:22
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GATK
gvcf是中间文件，不能用于过滤，建议看看课程： https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 对的GATK过滤本身就是很慢，慢慢等吧；
回答于 2023-12-13 16:51
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重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行...
GATK4.4版本要求java的版本大于17 服务器之前默认的java是11版本，现在默认的更新到最新的21版本了，你重新登录服务器再试一下；
回答于 2023-12-13 11:35