omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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Plink可以计算IBD吗？

可以计算IBS： #plink 方法：plink IBS 方法检测离群样本：https://zzz.bwh.harvard.edu/plink/strat.shtml#outlier plink --vcf all.clean.vcf.gz --cluster --neighbour 1 5 --allow-extra-chr -out outlier_ibs --mds-plot 4 IBD计算不清楚

回答于 2024-04-09 10:11

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串联重复基因对

差异大说明分化时间久；进化的意义你看看这个：https://www.omicsclass.com/article/699

回答于 2024-04-09 10:08

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基因鉴定数量太多（好几百）可能会是什么原因？

看看这个问题：https://www.omicsclass.com/question/6733

回答于 2024-04-07 13:42

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GWAS文件格式转换的时候出问题

输入的VCF文件格式有问题吧，你检查第一列染色体是不是有异常；

回答于 2024-04-07 09:29

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对orthofinder结果绘制花瓣图代码报错

物种个数太少了就不要绘制花瓣图了，也不好看；有韦恩图就行了；

回答于 2024-04-07 09:28

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GWAS关联

表型看看有没有极端值尝试删除一下试试；还有就是MAF应该过滤一下；如果有群体结构需要在模型里面加群体结构作为协变量做矫正

回答于 2024-04-07 09:27

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基因家族鉴定

看看基因组 1.2和2.0有啥区别，看看说明；再看看类似物种家族成员数量，差别不要太大

回答于 2024-04-07 09:23

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GATK 报错

vcf文件没有建立索引，你需要建立一下： gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I data.vcf.gz

回答于 2024-04-03 14:52

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请问网上一些共享的镜像网址在哪里可以找到呀，组学大讲堂共享的...

组学大讲堂共享的docker镜像可以使用docker pull直接从dockerhub上下载，可以看看这个课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/3Rcvt0

回答于 2024-04-03 11:06

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比较基因组数据分类

这里有orthoFinder输出文件夹解释，你看看的：https://www.omicsclass.com/article/2011 各个文件夹都看看，打开文件看看的就知道了；我们也有视频课程，你看看的：https://bdtcd.xetslk.com/s/24yiRs

回答于 2024-04-03 11:03

4106 个回答