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基因家族成员数
那篇nbs鉴定的原文 是哪篇？提供链接； 手动鉴定结构域建议用NCBI的：https://www.omicsclass.com/article/310 如果一个基因的多条转录本都有结构域建议选择第一条转录本为基因的代表序列，如果只有一个转录本就用那个转录本就好； 例如下面： 参考文献：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.118...
回答于 2018-08-22 10:38
怎么样从哈希中一次取出多个值
perl 取出多个hash的值，可以用循环： 下面的代码是遍历hash： while(($key, $value) = each(%HASH)) { # do something with $key and $value}#-----------------------------foreach $key (keys %HASH) { $value = $HASH{$key}; # do something with $key and $value}#-----------------------------# %f...
回答于 2018-08-20 20:48
在hmmsearch后，出的结果tlen是不是一定要大于qlen？如果tlen小...
如果是用hmmsearch命令查询我们序列中的保守结构域： target length是我们输入序列总长度；query length 输入的查询序列也就是蛋白结构域的总长度；筛选的时候不应该筛选这两个长度，没有意义；应该看后面的两个from to 看看这两条序列从哪里到哪里比对上了； 一般我们会筛选第7列的E-value值； 要知道怎么筛选先看...
回答于 2018-08-19 08:26
运行MCScanX后，0 match 0discord
第一个截的错误：你所在的目录错误，MCScanX尝试找当前目录下mcscans这个目录，以及AT开头的AT.blast At.gff文件。你确定当前目录下存在我刚说的文件。你的截图我也看不到你当前目录有什么文件，文件是什么样的我都不清楚，无法看出其他原因； 第二个截图是你在自己安装MCScanX软件，截图不全看屏幕上的没有安装成功了；...
回答于 2018-08-17 23:37
bio-linux系统无法启动
看看这个文章最后：https://www.omicsclass.com/article/78 可能是某些设置有问题，你对着检查检查。
回答于 2018-08-17 09:17
用perl批量下载
如果你的基因组在ensembl基因组数据库网站上，看看这个视频可以批量下载：https://www.omicsclass.com/video/16
回答于 2018-08-16 18:44
无参物种可以进行基因家族分析吗？
无参物种可以做基因家族分析。 可以做转录组分析得到unigene以及基因的蛋白质序列，有了蛋白质序列我们就可以通过hmmer搜索鉴定基因家族了。但是，由于没有基因组信息，有些分析是做不了的，比如基因的染色体定位，基因结构，基因的加倍复制等等；效果会比有参的物种做基因家族差一些。
回答于 2018-08-14 09:30