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老师Ht-count结果的基因名称有好多MSTRG是什么原因？
你检查你输入的gff或者gtf文件里面是不是有这样的基因ID，如果有的话就没问题。至于什么原因，要问什么？你是不希望出现这些ID，还是这些ID不知道是什么？ 提问之前看看这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-13 09:45
mac里eclipse的搭建有教程吗？
苹果笔记本也是可以安装的，下载软件的时候都下载对应mac版本就可以； 你的这个错误只有贴图我这不好说是哪里出来问题；请详细说明问题，参照：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-10 11:10
三代转录组中，想找A蛋白的同源序列，blast比对到的序列有很多，...
blast比对比较粗放，很多部分比对的结果也在里面，所以你要对比对结果进行筛选，筛选出比对较好的结果，可以认为是同源基因： (a) length of alignable sequence covers [75 % of longer gene, and (b) similarity of aligned regions [75 % (Gu et al. 2002). 但是鉴定蛋白家族还是用hmmsearch搜索比较好。 参考文献 Gu...
回答于 2018-08-09 13:04
关于基因家族的鉴定
这个重复相没有描述清楚，我这不好回答你的重复是什么，你再多提供一些信息，提问要注意方法。参考：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-09 12:50
基因家族鉴定
当然可以的，用这个号到pfam上下载对应的隐马尔科夫模型，用hmmsearch对该物种所有的基因的蛋白序列进行搜索，就可以得到该物种的所有具有这个结构域的基因；
回答于 2018-08-09 12:48
现有一个数据框面数据基本和截图类似 希望对有相同第一列（Taxo...
可以用R里面的根据分组求平均值，代码如下： data=read.csv("test.csv")group=data$TaxonomymyMeanFun<-function(x){ tapply(as.double(x),group,mean) }mydata=data[,-1]mean=apply(mydata,2,myMeanFun)write.csv(mean,file = "mean.csv")
回答于 2018-08-08 23:36
多个fastaq.gz文件里批量了解reads个数
fastq文件有规律：4行为一条记录，统计一下行数最后除以4就得到read的数量,更多fastq说明《illumina二代测序原理及fastq视频课程》; 批量获取文件的行数可写一个循环： 统计当前目录下的以fastq.gz结尾文件的行数： ls *fastq.gz|while read a;do echo "$a";zcat $a |wc -l ;done
回答于 2018-08-08 21:55
BLAST和MCSanX结果基因ID前后顺序不一致是怎么回事？BLAST结果前...
你做的是两个物种基因组比对吧，MCScanX左右调换了一下，应该不影响后续分析吧；
回答于 2018-08-07 15:43
老师，您好！请问你一下 怎么把多个物种MCScanX的结果整理出下图...
这种多基因组间的比较形式的MCScanX结果，MCScanX有脚本可以直接实现，参考：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example3.php 红框框处就是示例结果：
回答于 2018-08-06 10:44