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4105 个回答

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老师 gff3文件第三列应该显示gene cds exon等符号处 没有gene符...

那你的GFF不对,下载错了吧。

回答于 2018-12-20 09:48

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请问对比基因在染色体位置下载第三个dna文件里面的哪个fa.gz文件

你问问题需要详细说明,  不要假设别人能猜出你的问题,换位思考一下。

回答于 2018-12-19 15:40

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老师 找基因在染色体上的位置 用的是cdna.fa还是dna.fa

染色体位置用基因组DNA。 建议学习一下这个视频:https://www.omicsclass.com/video/16

回答于 2018-12-19 15:38

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提取基因序列

看你读取的是棉花的,基因组太大,内存不够提取不成功; 你分染色体提取;

回答于 2018-12-19 15:36

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老师,您好,我用circos做基因家族共线性的时候,因为两个基因名...

输入的text 标签文件有重复值,你删除一下就可以。

回答于 2018-12-19 13:14

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基因提取

请完善提问信息,输入文件截图展示,用到的代码粘贴一下等等,我这才好给你分析哪里出来问题; 不然我只能猜测你的输入的基因ID和gff里面的ID么有对应,所以提取不出来;

回答于 2018-12-19 11:59

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我做circos图的时候发现因为两个基因距离太近因此没法显示全,只...

最好有截图说明自己的问题。 下面的配置文件可以绘制如下图片,你可以试一下: 更多见:《基因家族分析实操课程》: chromosomes_units=1000000    #刻度单位Mb#chromosomes_reverse=/[12345]/   #染色体反转karyotype=./chr.info  #染色体信息配置文件show_tick_labels=yesshow_ticks=yesspacing=10u<ticks> ...

回答于 2018-12-19 08:50

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绘制转录本图,无法提取文件

你的输入文件我看不到,无法分析原因,因为每个人输入的文件不一样,我无法分析原因。 你应该把自己所有的输入文件都截图展示一下,我才好分析原因; 最好把代码也粘贴一下;

回答于 2018-12-19 08:47

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老师,麻烦您帮我看一下我在做共线性分析时用到vlookup, 方法跟...

看你的公式应该是没有写错: 1.手动搜索确认一下,在sheet2中复制一个ID在sheet1中搜索一下,确定是否在sheet1中存在sheet2中的ID; 2.如果确认确实存在ID,是不是公式没有拉到excel底部?

回答于 2018-12-18 10:18

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麻烦求助,在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报...

尽量不要使用NCBI上的基因组,处理起来比较麻烦。可到ensembl,JGI等网站下载。 或者到物种专门的基因组网站下载。

回答于 2018-12-17 22:41