omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下...

你需要详细了解你的家族结构域的特点，根据特点手动排除结果；查看比对到的地方及其左右延申的序列，观察是否是你想要的结构域；如果是，可以修改比对结果from to的范围手动矫正；如果确定不是删除就好了；

回答于 2020-12-30 17:54

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没有得到，可能是其他原因，你再查查；设的小一些运行一下，可以自己测试的；

回答于 2020-12-30 17:53

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你需要详细了解你的家族结构域的特点，根据特点手动排除结果；查看比对到的地方及其左右延申的序列，观察是否是你想要的结构域；如果是，可以修改比对结果from to的范围手动矫正；如果确定不是删除就好了；

回答于 2020-12-30 17:52

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blast方法只能找到串联重复的基因，大片段复制的基因无法判断；你看看定义概念，还有视频课程；https://www.omicsclass.com/article/730

回答于 2020-12-29 14:38

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blast方法只能找到串联重复的基因，大片段复制的基因无法判断；你看看定义概念，还有视频课程；https://www.omicsclass.com/article/730

回答于 2020-12-29 14:38

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没有教过用kaks计算共线性，你弄错了吧； mcscanX和blast手动查找串联重复基因，方法不一样，有些差异也是正常；你写文章选择其一展示结果即可；

回答于 2020-12-28 13:17

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要建立自己的模型，选择可靠的，这些不完整的手动删掉就可以；

回答于 2020-12-28 13:03

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有可能是反转录转座：https://www.omicsclass.com/article/494

回答于 2020-12-27 08:13

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blast结果想要更多，可以把e值调大一些例如 1e-5

回答于 2020-12-25 12:56

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基因组文件上下不能颠倒，顺序应该对应，不然染色体号对不上：类似文件解决办法：染色体ID不一致：https://www.omicsclass.com/question/1361

回答于 2020-12-24 17:51