omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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GWAS关联

表型看看有没有极端值尝试删除一下试试；还有就是MAF应该过滤一下；如果有群体结构需要在模型里面加群体结构作为协变量做矫正

回答于 2024-04-07 09:27

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看看基因组 1.2和2.0有啥区别，看看说明；再看看类似物种家族成员数量，差别不要太大

回答于 2024-04-07 09:23

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vcf文件没有建立索引，你需要建立一下： gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I data.vcf.gz

回答于 2024-04-03 14:52

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组学大讲堂共享的docker镜像可以使用docker pull直接从dockerhub上下载，可以看看这个课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/3Rcvt0

回答于 2024-04-03 11:06

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这里有orthoFinder输出文件夹解释，你看看的：https://www.omicsclass.com/article/2011 各个文件夹都看看，打开文件看看的就知道了；我们也有视频课程，你看看的：https://bdtcd.xetslk.com/s/24yiRs

回答于 2024-04-03 11:03

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这个脚本用的是TransDecoder这个软件里面的perl脚本，你自行安装即可，不需要拷贝，软件地址： https://github.com/TransDecoder/TransDecoder

回答于 2024-04-03 11:00

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试试输入示例数据看看是不是抱错；如果示例数据不抱错，你检查你的数据和示例数据对比有没有不一样的地方；

回答于 2024-04-03 10:58

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这几个脚本是这个软件：AGAT： https://github.com/NBISweden/AGAT 你需要自己安装到服务器上才可以使用，不需要从镜像拷贝；

回答于 2024-04-02 20:57

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.LTRlib.fa 不是基因组上所有的LTR序列，而是唯一的LTR的序列；这些序列在基因组上重复，公司的4G是把重复都算上，你理解错误；

回答于 2024-04-02 10:09

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单独的只能一行一个ID，连续的一个大枝可以首尾两个基因分配枝的颜色；也可以使用iTOL做进化树美化：https://www.omicsclass.com/article/2345

回答于 2024-04-02 10:05