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从结构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息
同学，我没有分析你的数据哈，具体情况我不是很清楚，你是自己跑的结构变异注释吗？如果你只用了一个参考基因组构建的注释信息库，你需要通过最后一步把对应家族编号的基因（在参考基因组中）提取出来。如果你是直接从作者那里获取到的结构变异注释结果，可能你需要问问作者相关的信息
回答于 3天前
老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的...
foxtail_millet.GRASgene.list，如果只能提供部分SV的结果，用你鉴定到的家族成员的基因
回答于 2025-04-23 11:41
老师，我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分，出现一...
你为什么要替换你的库文件的内容呢，你直接用库文件做注释就行了，脚本里这里也没有让你修改ID：
回答于 2025-04-17 15:15
老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出...
出现上面的warning可能是序列的相似度太高，如果能排除是测序和注释的错误的话，就继续做就可以了，至于构树的时候你用多少基因去构树，树上就会有多少个基因，树上面展示哪些基因取决于你想说明的生物学问题
回答于 2025-04-15 10:54
老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不...
你有多少个样本啊，我在课程里面说了要把这个地方改成你对应的样本数+1，你是不是没改，你改一下： awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=你的样本数+1;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list
回答于 2025-04-15 09:55
老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别...
你看一下你的表型数据里面有没有奇怪的数据，第二例应该都是数值型数据，检查一下有没有混进去奇怪的字符 ，还有就是你的性状名称中不要有空格，你可以用下划线连接
回答于 2025-04-14 09:51
老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列...
你家族基因列表里面的后缀呢？你按照流程跑的吗？是的话应该是有的呀，是在这里加的： 也就是说你加上之后，你后续的分析，你的基因id后面是应该有物种名作为后缀的，你再检查一下是不是哪里没有跑
回答于 2025-04-08 17:48