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sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表...

sed -i 's/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt ，s前面没有l

回答于 2024-12-12 13:57

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同学，你的gene.list和pangene.list的第二列编号格式没有对上，你修改一下。

回答于 2024-12-06 08:08

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你可以看看泛基因家族分析课程的数据准备部分，如果只是跟着流程做分析的话，基因组部分只需要准备10个物种的基因组文件（fasta格式）和gff文件就可以

回答于 2024-12-03 13:31

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同学你其他的模型跑出来结果也是这样还是只有GLM模型是这样的，另外你用多少个样本去做的分析？

回答于 2024-12-03 11:44

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你直接把你的指令贴上来，不要以附件的形式，你这个提供的信息太少了没办法确定问题，另外你检查一下你的脚本中第23行有没有写错，有没有一些多余的字符

回答于 2024-12-03 11:26

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因为你没有给我们提供文件的信息，无法具体进行判断，只能通过文件名字推断“Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz”可能是是包含染色体水平的基因组的注释信息文件，具体选择哪个还要看你自己的分析需求

回答于 2024-11-29 11:03

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这个软件你当前使用的镜像里面没有安装，可以联系客服要一下最新版的镜像点击联系客服

回答于 2024-11-28 16:51

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GATK做vcf合并的模块应该是CombineVariants吧，具体你可以看一下这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/1732，里面有写如何做多个vcf的合并

回答于 2024-11-28 09:33

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同学你的报错信息显示“No genotype data remained after filtering”，说明通过参数进行过滤后所有的snp都被过滤掉了，你可以贴一下你的指令，并且调整一下你的参数，有可能是参数设置的过于严格导致的。

回答于 2024-11-26 15:59

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这个主要还是看你自己的研究内容，如果给家族基因命名的话，你也可以基于基因在染色体上的位置进行排序（比较推荐），当然像你说的直接按照从上到下的TPS1、TPS2往下排属于没什么生物学意义的排序方法，看你的分析目的。

回答于 2024-11-20 09:26