老师,我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析,

老师,我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析,前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一,只有两个基因有差异,且表达量均很低(二图)。接下来,利用其中一个做保守结构域分析由于Fam_gene.list文件(三图)中,该家族编号仅对应一条基因(四图),最终得到一条序列(五图),得到的motif文件为如下(六图)。下面该怎么办呢?

attachments-2025-06-o9YCq0Ti683ceba2ae244.pngattachments-2025-06-twrre3Bm683cebb1acde9.pngattachments-2025-06-44UWO7MZ683cebc0b4f5b.pngattachments-2025-06-fWXRZ9c4683cebd0e42b8.pngattachments-2025-06-hxPgjZnS683cebdd6f450.pngattachments-2025-06-xyG0hrdG683cebfb6cfa3.png

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2 个回答

每天学习一点点

你找错文件了把:grep "Zm00001eb294180" ${ref}_fam_gene.list,是${ref}_fam_gene.list这个文件,不可能只有一个基因组有的,因为你如果只有一条序列是做不了T检验秩和检验的,要求的是最起码每个分组不少于两个:

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Connie

attachments-2025-06-YtQZk5Pc683ebafc6b77d.png老师,您看我的${ref}_fam_gene.list,也是从Fam_gene.list提取出的参考基因组的家族编号和基因,都是一个编号对应一个基因,前面在构建泛基因列表时,也是重新做过几次,都是这个结果。所以导致后面结构变异与基因结构和保守结构域分析#提取结构变异基因列表

grep "${svgene}" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list,提取出的这个家族里面就一个基因

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