老师,我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析,前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一,只有两个基因有差异,且表达量均很低(二图)。接下来,利用其中一个做保守结构域分析由于Fam_gene.list文件(三图)中,该家族编号仅对应一条基因(四图),最终得到一条序列(五图),得到的motif文件为如下(六图)。下面该怎么办呢?
你找错文件了把:grep "Zm00001eb294180" ${ref}_fam_gene.list,是${ref}_fam_gene.list这个文件,不可能只有一个基因组有的,因为你如果只有一条序列是做不了T检验秩和检验的,要求的是最起码每个分组不少于两个:
老师,您看我的${ref}_fam_gene.list,也是从Fam_gene.list提取出的参考基因组的家族编号和基因,都是一个编号对应一个基因,前面在构建泛基因列表时,也是重新做过几次,都是这个结果。所以导致后面结构变异与基因结构和保守结构域分析#提取结构变异基因列表
grep "${svgene}" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list,提取出的这个家族里面就一个基因