老师,为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的,特别是参考基因组,全部都没有同源基因,那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时,无法比对,该怎么往下做呢?

老师,为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的,特别是参考基因组,全部都没有同源基因,那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时,无法比对,该怎么往下做呢?

另外,下面泛基因构建部分得到的列表final.last.gene.pair.txt,例如基因Seita.3G066400明明是有同源基因的,为什么最后得到Fam_gene.list却没有?我按照老师的指令awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=113;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list得到的这个表,请问是不是哪里需要修改呢?

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2 个回答

Connie

Seita.3G066400是属于GRAS家族基因,并且在结构变异与基因表达分析时,为最显著性差异表达基因,所以我需要以它做结构变异与基因结构和保守结构域分析,但Fam_gene.list文件里却没有鉴定到同源

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