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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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重测序cnv变异需要至少多少乘数据？

  • Iron 2024-03-13 21:47
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有40个样本的基因型（重测序结果）、表型数据。可以做什么分析？

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

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mutmap

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获取选择区域的基因

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GATK过滤掉三分之一的位点正常吗

  • 231 2023-12-14 12:49
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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

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请问如何计算总体的pi值？

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建立注释库

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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老师您好，请问一下GWAS筛选植物NPK高效因子前需要做什么准备工作

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老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

  • QCJ 2023-08-08 16:56
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如何通过GWAS的曼哈顿图结果筛选基因？

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请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

  • 2023-05-31 11:03
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老师您好，我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析，已经组装好线粒体基因组，是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么？

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samtools过滤多重比对的-F 256参数设置

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用Tassel转vcf为hapmap格式文件

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10 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事