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物种间的共线性分析

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indel引物设计

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通过blast比对来确定基因家族

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10 请问一下怎么将几个物种叶绿体基因组进行多态性比对从而得到多态性位点？

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5 老师好！我分别用课程里fst, pi, TajimaD 方法筛选出的top5%基因，都是只有第一条染色体上的（我的数据一共有16条染色体），出的图也都只是第一条染色体的。但是用fst和pi联合筛选的基因，16条染色体上的都有。为什么会出现这种情况呢？

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关于DNase-seq数据分析的问题

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请问psi-blast得到的pssm矩阵文件该怎么处理？如何看出两条序列的对情况？？

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对于基因家族进化树构建前的一步，请问用MAFFT进行序列对齐、gblocks提取保守结构域、clustalw进行多重序列比对这三个动作的最佳先后顺序是什么？？

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请问mega7没有发现序列对的共同位点（83,19）该如何解决？没办法进行下一步的构建进化树了

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老师好，我的gene ID和mRNA ID 只有前面不一样，但是为了保证mRNA ID与pep和cds中的一样。删除mRNA：后就与gene ID 一致了。这影响后期的操作吗？

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请问裸子植物的全基因组在哪里可以下载

  • 2021-10-28 11:06
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5 老师，我安装mcscanx软件时打开所给网址显示有错误怎么下载啊？

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10 请问已知4dtv值，如何计算具体的分歧时间呢？

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kaks计算

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基因组测序品种选择问题

  • 2021-09-17 10:59
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老师你好，问一下如果所做物种只有基因组数据，没有转录本，CDS等文件，该用什么软件分析得到别的数据

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基因家族扩张收缩分析中，怎么样才算是显著扩张和显著收缩？

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在绘制共线性图是出现“zerodivisionerror: float division by zero”错误。我按照老师的讲解一共准备了五个物种的共线性资料，最后在绘图时报错。

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10 在基因组组装中，有很多scaffold没有组装到基因组上，是因为什么？

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老师好！我使用JCVI按照官网流程处理两个物种，每次都提示ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.麻烦您帮我看看，谢谢！