ncRNA统计结果,这里的8S是不是应该是5S或者5.8S?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个 The RNAmmer 1.2  predicts 5s/8s, 16s/18s, and 23s/28s ribosomal RNA in full genome sequences.

参考这个:https://www.biostars.org/p/257235/

 

RNAmmer 论文 Table 1:真核 5S 训练集从 316 条去冗余到 283 条。本地 lib/euk.tsu.rnammer.hmm 的 NSEQ 正好是 283。而论文明确写 "The 5.8S is not considered in this work."(5.8S 未纳入建模)。


根据回答是:8s预测的就是 5S rRNA , RNAmmer 不能预测真核的5.8S,要注释 5.8S,RNAmmer 覆盖不了,需要换工具,例如 cmscan + Rfam RF00002(5.8S);顺带 5S 是 RF00001。


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TypeClassNumberTotal length(bp)Average length(bp)
miRNAmiRNA42867,798158.41
tRNAtRNA65449,11875.1
rRNArRNA4,170915,541219.55
 5S3,935451,976114.86
 5.8S7611,856156
 18S83150,0921,808.34
 28S76301,6173,968.64
snRNAsnRNA7310,602145.23
 splicing7310,602145.23
snoRNAsnoRNA62265,304104.99
 C/D-box56458,117103.04
 H/ACA-box536,689126.21
 scaRNA549899.6


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