这个 The RNAmmer 1.2 predicts 5s/8s, 16s/18s, and 23s/28s ribosomal RNA in full genome sequences.
参考这个:https://www.biostars.org/p/257235/
RNAmmer 论文 Table 1:真核 5S 训练集从 316 条去冗余到 283 条。本地 lib/euk.tsu.rnammer.hmm 的 NSEQ 正好是 283。而论文明确写 "The 5.8S is not considered in this work."(5.8S 未纳入建模)。
根据回答是:8s预测的就是 5S rRNA , RNAmmer 不能预测真核的5.8S,要注释 5.8S,RNAmmer 覆盖不了,需要换工具,例如 cmscan + Rfam RF00002(5.8S);顺带 5S 是 RF00001。
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| Type | Class | Number | Total length(bp) | Average length(bp) |
| miRNA | miRNA | 428 | 67,798 | 158.41 |
| tRNA | tRNA | 654 | 49,118 | 75.1 |
| rRNA | rRNA | 4,170 | 915,541 | 219.55 |
| 5S | 3,935 | 451,976 | 114.86 | |
| 5.8S | 76 | 11,856 | 156 | |
| 18S | 83 | 150,092 | 1,808.34 | |
| 28S | 76 | 301,617 | 3,968.64 | |
| snRNA | snRNA | 73 | 10,602 | 145.23 |
| splicing | 73 | 10,602 | 145.23 | |
| snoRNA | snoRNA | 622 | 65,304 | 104.99 |
| C/D-box | 564 | 58,117 | 103.04 | |
| H/ACA-box | 53 | 6,689 | 126.21 | |
| scaRNA | 5 | 498 | 99.6 |

