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5 PSMC如何在一同一张图里用不同颜色展示不同分组的样品

  • Iron 2023-08-23 10:08
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Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

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我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

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您好，GWAS中的LD衰减分析，需要对用到的VCF文件进行过滤（缺失率，第二等位基因频率等）吗？

1 解决

10 尊敬的老师，在按照咱们课程进行选择消除分析 fst pi ROD时，可以正常输出pi.wild，为什么画图的时候图为空的，是不是数据有问题，我的数据是真菌的，fai文件只有1kb，

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老师，根据遗传进化课程做LD，测试文件和我的数据输出的文件都是空的，这是什么问题呢？

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10 尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

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你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
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你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
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PSMC分析作图时物种的繁殖速度参数如何设置

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10 关于单倍型分析的问题

  • Jia 2023-03-09 10:34
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使用plink做pca分析时报错

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10 请问用Mega7的muscle比对的时候报错该怎么办？

  • Mer 2022-11-29 15:46
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自己LDdelay时，绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb，请问问题出在哪里？

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Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566.

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10 您好！在用XP-CLR时遇到问题 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys' 该如何解决呢？

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做用于GWAS的全体的LD decay

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老师，请问在fst和pi联合选择分析的时候，使用群体遗传进化分析课程里的代码fst_pi_select_sweep.r时，显示command not found，怎么解决这个问题呢？

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老师您好，我用mutmap的方法分析了f2群体，有三个峰，有个一个峰在99阈值之上，但是做基因分分型时 要么是突变体基因型要么是野生型基因型，而且区间前半段设计不出引物

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老师您好，群体遗传进化分析的课程中根据视频进行PCA分析和LD 可是plink一直无法运行，试过重启电脑也检查了文件名并且下载了V1.2的镜像都不行。其他不需要plink的都可正常运行是怎么回事呢？有什么办法解决吗？谢谢老师

  • 2022-09-25 23:33