1 回答

老师，根据遗传进化课程做LD，测试文件和我的数据输出的文件都是空的，这是什么问题呢？

1 回答

10 尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

0 回答

你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
0 回答

你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
0 回答

PSMC分析作图时物种的繁殖速度参数如何设置

2 回答

10 关于单倍型分析的问题

  • Jia 2023-03-09 10:34
1 回答

使用plink做pca分析时报错

1 回答

10 请问用Mega7的muscle比对的时候报错该怎么办？

  • Mer 2022-11-29 15:46
0 回答

自己LDdelay时，绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb，请问问题出在哪里？

1 回答

Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566.

1 回答

10 您好！在用XP-CLR时遇到问题 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys' 该如何解决呢？

1 回答

做用于GWAS的全体的LD decay

1 回答

老师，请问在fst和pi联合选择分析的时候，使用群体遗传进化分析课程里的代码fst_pi_select_sweep.r时，显示command not found，怎么解决这个问题呢？

0 回答

老师您好，我用mutmap的方法分析了f2群体，有三个峰，有个一个峰在99阈值之上，但是做基因分分型时 要么是突变体基因型要么是野生型基因型，而且区间前半段设计不出引物

1 回答

老师您好，群体遗传进化分析的课程中根据视频进行PCA分析和LD 可是plink一直无法运行，试过重启电脑也检查了文件名并且下载了V1.2的镜像都不行。其他不需要plink的都可正常运行是怎么回事呢？有什么办法解决吗？谢谢老师

  • 2022-09-25 23:33
0 回答

请问我想用GWAS的自然群体进行KAKS分析，请问有什么具体的操作流程吗？

2 回答

在做fst绘图输出，pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.Zhongyuan.windowed.pi -F $FAI -f 19226500 -n pi.Zhongyuan一直提示没有pi_manhattan_plot.r 这个命令？

2 回答

老师您好，我想用GWAS对候选基因进行进化选择分析，我想证明我的这个基因是受到人工驯化的。我用TajimaD分析发现我的目的基因位置的D值为5，属于受到瓶颈效应或者平衡选择，那么这个结果可以说明我的基因是受到驯化选择的吗？

1 回答

treemix中按照课程操作cat w.sh，提示没有这个文件

1 回答

vcf2hmp.pl 报错：ERROR: invalid genotype call at marker position

  • 2022-08-10 16:45