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群体遗传进化课程中基于pi用R脚本绘制曼哈顿图请问更改色板颜色的具体指令

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群体遗传课程fasttree建树问题

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5 我手里有老师给的700＋水稻品种，这700＋品种重测序结果直接从水稻3K里down下来的，请问可以用来做遗传群体进化分析吗？

  • 2023-11-14 15:42
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启动镜像docker失败

  • ruth 2023-11-14 14:15
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structure_plot.r: command not found

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群体结构分析计算最佳K值出现问题

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Fasttree建树失败，报错不是核苷酸序列？只能完成73%

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没有 easySFS.py

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老师您好，我根据教学指导试了很多次都不能将vcf文件转换成phy文件，重新运行还是显示这种，求解决方案

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报错pi_manhattan_plot.r command not found…

  • ruth 2023-10-28 15:37
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我做群体结构研究

  • 2023-10-28 00:30
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使用xpclr_smooth_line_plot.r绘制时，没有报错，但没有图片生成

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老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片所示，如何按照对应的窗口计算平均XP-CLR scores呢？

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请问，这个图代表什么呢，怎么有点奇怪

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5 PSMC如何在一同一张图里用不同颜色展示不同分组的样品

  • Iron 2023-08-23 10:08
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Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

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我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

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您好，GWAS中的LD衰减分析，需要对用到的VCF文件进行过滤（缺失率，第二等位基因频率等）吗？

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10 尊敬的老师，在按照咱们课程进行选择消除分析 fst pi ROD时，可以正常输出pi.wild，为什么画图的时候图为空的，是不是数据有问题，我的数据是真菌的，fai文件只有1kb，

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老师，根据遗传进化课程做LD，测试文件和我的数据输出的文件都是空的，这是什么问题呢？