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泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时,里面的命令行是不是要进行修改如下图所示
泛基因家族
自强不息
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泛基因组分析,磁盘配额不足
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泛基因筛选最长转录本时出现问题
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使用单细胞转录组课程中的代码进行GSVA分析时,找不到所关注的通?
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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出
落日与晚风
2025-03-27 11:29
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在进行GWAS的LDBlock可视化中,在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时,程序居然报错UnKnow argument -PointSize,请问这是怎么回事呢,如何解决呢?请组学大讲堂的老师麻烦回答一下!谢谢!
John
2025-03-12 16:57
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GWAS分析发现的问题如下:第一,过滤水稻vcf的RawData时(群体有176份),我选择的minGQ值为20(同时要移除InDel),结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000,但是我查过一些资料,GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理,可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二,你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三,做GWAS时,基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四,你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。
群体研究合辑(基因组重测序、遗传进化、GWAS、BSA)
John
2025-03-12 15:37
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