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Tassel做GWAS分析时混合线性模型报错，有老师知道是什么原因吗？

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老师好，我在使用dQTG.seq进行BSA定位时 ，按照要求的格式输入文件，但总是会出现如下报错，请问这是什么原因呢

2 解决

绘制circos图时没有内部连线

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基因组重测序，排序完后进行去重复总是被Killed

  • 2023-09-21 14:42
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老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片所示，如何按照对应的窗口计算平均XP-CLR scores呢？

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在gwas分析中，单一线性模型没有问题，混合线性模型运行到30%就自动停止了，这是什么原因有老师知道吗？

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注释脚本

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genome-annotation缺失tantan

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同一物种批量注释基因组

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跟拟南芥同源的基因太少，导致绘制不出来蛋白互作网络图怎么办

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水稻F2群体株高性状的GWAS分析模型选择GLM还是MLM

  • lsh 2023-09-19 10:26
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mcmctree能否多线程运行？

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叶绿体组装使用软件Gepard报错问题

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老师好，我在运行比较基因组学11.time_tree_BV脚本的时候，报错Error: Only bounds for the root age are implemented，修改了几次化石时间节点也没有成功，请问这个是我的化石节点选的有问题么？

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老师好，我想问一下自己找公司测序得到的GB文件和fasta的文件跟NCBI上下载的需要做一个统一化处理吗？如果要做的话，需要采用哪种方法？因为我发现他们注释的基因顺序不太一样，所以就担心对后期的分析有影响。（比如说特征统计分析，密码子偏好性分析，IR区边界分析，重复序列分析，结构变异分析，序列多态性分析，系统发育分析，分子标记开发等）

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安装docker 进行16S分析物种注释过程很慢

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quickmerge合并多个软件组装的基因组后，使用nextpolish去polish基因组，得到的结果的N50比打磨前的低是正常的吗？基因组由549M打磨到了531M，总的contig条数没变，N50都是N=3.

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比较基因组学分歧时间脚本

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GWAS分析中的PCA绘图识别不出来R脚本

  • 231 2023-09-16 11:34
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5 老师好，我在跟着课程实操时，运行gatk call snp时候，使用源代码也报错了，我用的镜像是课程里的v1.1的版本还请老师帮忙看看，谢谢了！