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GATK 很慢，怎样分染色体CALL 变异
是的，你可以通过分染色体来并行化GATK HaplotypeCaller的运行，这会显著提高处理速度。以下是分染色体运行的方法： 方法1：使用-L参数指定染色体 for chr in chr1 chr2 chr3 ; do gatk --java-options "-Xmx50g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.$...
回答于 2025-04-17 11:06
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windows10安装docker后，输入命令，报错，请问如何解决？
docker hub 国内访问不了，需要组学大讲堂的镜像，可以凭订单号找客服索取：联系客服处理：点击联系客服
回答于 2025-04-16 09:12
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老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别...
你的命令行贴一下，excel文件不能直接输入的，需要把输入数据保存成文本文件才行；
回答于 2025-04-09 18:21
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GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题
检查了示例文件，这地方的基因型有些特殊，不标准，导致beagle 报错： 运行下面的代码修改一下 zcat ../00.filter/clean.vcf.gz |sed 's#\t.:#\t./.:#g' |gzip - > clean.vcf.gz 新文件输入运行beagle beagle -Xmx4g -Djava.io.tmpdir=./ gt=clean.vcf.gz out=all.impute impute=true window=10 nthreads=2
回答于 2025-04-03 11:00
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