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单细胞测序的细胞通讯分析
看看这个问题：https://www.omicsclass.com/question/7704 cellchat的bug，你用数字代替细胞分组
回答于 2025-04-28 17:27
单细胞测序数据两个子集合并
下面是手动修改列名的R代码，你自己可以运行修改一下： # 加载必要的包library(Seurat)library(dplyr)## 1. 创建示例Seurat对象（如果已有数据可跳过此步）# 使用Seurat内置数据集seurat_obj <- readRDS("subsetCD8.reanalysis.rds")# 查看原始metadata列名cat("原始metadata列名:\n")print(colnames(seurat_obj@meta.d...
回答于 2025-04-27 17:42
使用单细胞转录组课程中的代码进行GSVA分析时，找不到所关注的通...
内置的 基因集数据库用的R包是这个：msigdbr 说明：https://igordot.github.io/msigdbr/articles/msigdbr-intro.html 常见基因集： gs_catgs_subcatnum_genesetsC1299C2CGP3384C2CP29C2CP:BIOCARTA292C2CP:KEGG186C2CP:PID196C2CP:REACTOME1615C2CP:WIKIPATHWAYS664C3MIR:MIRDB2377C3MIR:MIR_Legacy221C3TFT:GTRD518C3T...
回答于 2025-04-27 10:09
如何合并两个单细胞测序中的两个子集？
还是用之前的脚本合并：示例脚本在： 03.seurat_cluster.sh #合并数据Rscript $scripts/merge_seurat_obj.r -i CD4.added.celltype.rds CD8.added.celltype.rds -p all.sample.merged
回答于 2025-04-27 09:41
用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别...
对的，样本多需要计算资源多，慢正常的。可以加大计算资源，多投任务； 我们也有代分析服务加快速度，可以联系客服了解：联系客服处理：点击联系客服
回答于 2025-04-18 09:43
利用GATK 分染色体call 变异时出现错误
bash \ 后面不要有任何字符包括 空格； for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i}.${Chr...
回答于 2025-04-17 17:17