看看这个,染色体ID可能不一致:https://www.omicsclass.com/question/1361
回答于 2019-12-31 09:48
还可以排查一下染色体名称: 可以看看这个:https://www.omicsclass.com/question/1605 还有这个:https://www.omicsclass.com/article/572
回答于 2019-12-31 09:48
你的group 样品分组变量建立有问题,建议你自己整理一个分组文件,第一列为样本ID,第二列为分组名称,然后用read.table读入: ####################手动制作分组group变量###############################################3 #从文件读取分组信息, #group.txt文件格式: # Id group # TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 Tumor...
回答于 2019-12-31 09:40
检查一下rawdata这个表格变量是否有问题,里面是否是基因在样本中的count值,是否含有NA。
回答于 2019-12-30 17:46
如果序列相似性高,是可以直接构建进化树的。 但是,有时候序列差异到,无法构建进化树,所以需要手动或者借助软件删除一些差异大的区域,保留保守的区域构建进化树。
回答于 2019-12-30 17:40
可以看看这个:https://www.omicsclass.com/question/1605 还有这个:https://www.omicsclass.com/article/572 再有检查所有文件里面的染色体ID 是否一致:https://www.omicsclass.com/question/1361
回答于 2019-12-30 09:39
导出pdf应该是没有问题的。 建议使用evolview这个软件编辑美化进化树试试:https://www.omicsclass.com/article/671
回答于 2019-12-30 09:37