omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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请教！基因结构分析出现这样的问题如何解决？

我看你的命令行输入的是拟南芥的GFF文件，但是截图是其他物种的，请确保自己的文件里面的信息来自于同一物种的一套参考基因组；不同物种基因ID不一样，染色体也不一样，程序肯定会报错的；

回答于 2020-01-09 11:10

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建议你提高自己笔记本的内存，详细信息见：https://www.omicsclass.com/question/1231

回答于 2020-01-09 11:08

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不太明白你的问题，你可以截图说明问题

回答于 2020-01-08 13:45

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看看这个文件里面的染色体ID与bed，里面的染色体ID是否一致：更多可见：https://www.omicsclass.com/question/1361

回答于 2020-01-08 13:43

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查看一下，bed里面的基因ID与cds里面的基因ID是否一致。

回答于 2020-01-08 13:38

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换个网络重新下载试一下。再下载不了可以，手动下载原始rawdata，手动标准化得到表达量。

回答于 2020-01-08 13:36

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类似这样的文章，大麦开花基因（Ppd-H1）适应性遗传进化分析：https://academic.oup.com/mbe/article/25/10/2211/1031345

回答于 2020-01-06 13:07

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sra数据为测序数据的原始fastq数据，需要自己做转录组比对定量表达分析，建议实验室有计算机服务器才好分析：转录组自主分析课程：二代测序转录组数据自主分析自己分析比较困难，可以找我们组学生物分析。

回答于 2020-01-06 12:56

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可以根据weight值大小，筛选前150个基因来显示网络。

回答于 2020-01-06 12:53

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cds比对可以先蛋白比对，再转换成cds比对，就不会出现这种情况了：批量比对计算参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1939

回答于 2020-01-06 12:52