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4089 个回答

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进化树boostrap值过滤

建议删除序列重新比对构树

回答于 2019-12-24 18:04

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您好,我用Linux找到的基因其中有两个基因相似度差不多九十八了...

你是在做基因家族加倍与复制分析吗?  如果不是,我这不好给你回答,因为不知道你的分析目的 如果是在查找基因家族成员的加倍与复制,可以保留,单独说明一下就可以; 但是,不能说是串联重复或者大片段复制;

回答于 2019-12-24 11:35

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Ilumina芯片 IDAT原始数据标准化处理

illumina的芯片数据可以下载这个文件进行数据处理: GEO数据介绍:https://www.omicsclass.com/article/1100

回答于 2019-12-23 13:43

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pheatmap绘图报错

这两个变量也检查一下,先注释掉这个两行运行一下:逐一排查 这个变量是设置分组颜色的,如果不需要就不用设置了

回答于 2019-12-23 11:20

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基因组信息

不知道你要改成什么样子? 你可以看看例子拟南芥的GFF文件和你的对比一下缺失什么: 看你的GFF文件缺少 gene行,你应该添加上: 还有我们的脚本会读取第九列,ID和Parent信息。

回答于 2019-12-23 11:16

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circos圈图内部线不显示

这里的染色体名称要一致才行:

回答于 2019-12-23 11:14

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相关系数矩阵

可以用R语言中的p.adjust() 函数完成矫正: p.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p))p.adjust.methods# c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY",#   "fdr", "none")

回答于 2019-12-23 11:13

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在装作者提供的11g的biolinux系统的时候不能全屏显示,不能挂载...

安装我们组学大讲堂提供的biolinux虚拟机,里面安装了很多软件:https://www.omicsclass.com/article/526 no such device 可以卸载vbox重新安装老版本的vbox: https://download.virtualbox.org/virtualbox/5.2.38/VirtualBox-5.2.38-136252-Win.exe

回答于 2019-12-23 11:11

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在用脚本cirsos.pl做圈图的时候有以下错误,请问怎么解决?装的...

如果想自行安装circos软件可参考这个课程,里面有详细的安装讲解:linux系统使用 如果安装不了建议导入我们组学大讲堂提供的biolinux:https://www.omicsclass.com/article/526

回答于 2019-12-23 11:09

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IDlist

输入文件都看一下,里面的基因ID不统一你核对一下;

回答于 2019-12-20 15:58