omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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wgcna 数据载入问题

xls文件是不能直接用read.table读入的，你用excel另存为txt文件再对如，R语言基础不好建议学习： R语言快速入门与提高、 R语言画图、

回答于 2019-12-30 09:36

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输入的数据可能有问题，datExpr0，你再看看例子里面的这个数据行列都是什么，检查核对一下。

回答于 2019-12-30 09:35

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看看这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/67 还有你的xml文件可能没有生成正确，你重新运行生成一下，这个motif运行的时间挺久的；

回答于 2019-12-30 09:34

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blast这步耗时比较久（通常好几个小时时间），执行之后耐心等待；只是警告，不是错误，忽略就行

回答于 2019-12-27 15:03

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基因组中的SSR引物的设计，需要借助编程语言批量完成才行，perl语言高级编程课程里面有涉及，你可以学习一下： perl入门到精通、perl语言高级

回答于 2019-12-27 15:01

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不同的网站 ID编号不一样吧，或者基因组的来源不一样，你需要去看看。以一个数据库里面的ID为准就行。

回答于 2019-12-27 15:00

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建议把R的版本更新到最新，3.6.1以上；然后重新安装WGCNA； R包安装技巧参考：https://www.omicsclass.com/article/106

回答于 2019-12-27 14:59

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这个文件只是基因ID与mRNAID之间的对应关系列表，后面后用到，与共线性没有关系。建议你打开每个文件都看看文件里面的内容；不要盲目的分析。

回答于 2019-12-27 14:57

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MAD_box 里面是前面鉴定的基因家族基因列表 AT.collinearity 是拟南芥基因组的共线性关系建议你再看看视频还有文献，理清分析思路。学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-12-27 14:56

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看不到你运行的代码, 不好分析原因；建议你把目录删除重新运行，有时候网络的原因有些文件下载不成功。

回答于 2019-12-26 17:31