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老师，请问串联重复基因由cds blast得到，而共线性分析由mcscan...
串联重复和大片段复制是不一样的，基因家族复制概念要弄清：https://www.omicsclass.com/article/730 mcscanX通过共线性分析查找大片段复制基因和串联重复基因，blast方法只能找到串联重复的基因；
回答于 2020-04-03 12:55
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老师，我在配置文件时text以及link文件都是空的。这是为什么
输入文件都应该截图一下，我才好给你分析原因； 这里我建议你把所有的输入文件都打开看一下，基因ID是否统一，再一个文件的格式和示例文件对比一下看看有没有异常。
回答于 2020-04-03 12:52
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老师，我在用MCscan java family_circle_plotter时，出来的圈图...
gene_family,txt 这个文件和示例文件对比一下，我记得最开始有个名字； 如果都检查没有问题的话，可能你的基因家族成员里面就没有大片段复制基因； 运行这个脚本：detect_collinearity_within_gene_families.pl 检查一下有没有结果；
回答于 2020-04-03 12:09
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不能与Windows共享文件：no such device
vbox更新了，所以可能报错：https://www.omicsclass.com/question/2201/answer/2423
回答于 2020-04-02 09:33
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用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.ts...
基因组上的基因包含内含子，我们的测序转录组数据是MRNA不包含内含子，所以比对的时候索引有外显子信息，更易于比对； http://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/
回答于 2020-04-01 11:59
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