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请问老师们有关基因家族分析有利用较大数量物种（例如50种以上）...
当然可以的，做的多了可以做成数据库，发高分文章，例如这篇转录因子基因家族分析，很多家族很多物种，发表在NAR上：http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/index.php
回答于 2020-06-02 15:53
老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件...
文件格式有问题吧，你的bed文件才14行，有问题吧 如果基因这么少，没必要用mcscan比较基因组分析了；做个blast就好了
回答于 2020-06-01 11:34
RNA-seq分析，用index.sh建立索引exons.tsv文件为空
刚刚看你的问题，你的GFF文件不是标准的GFF文件，第三列没有gene标识， 建议添加gene行，可参考这里修改：https://www.omicsclass.com/article/816 提示：看你做的物种为棉花，由于棉花基因组较大，会消耗大量的内存，自己的笔记本建立该物种索引可能由于内存限制可能会建立不成功，可联系我们帮你建立；
回答于 2020-06-01 11:31
perl老师你好！可以发一下perl的安装包么？在网上下载一直下不下...
可到perl官方网站下载，根据自己的操作系统选择对应的版本：https://www.perl.org/get.html
回答于 2020-06-01 11:24
黄老师，我已获得BSA流程过滤后的snp的vcf文件，然后怎么利用这...
只有VCF文件不行，你需要计算SNP-index才行，然后再分析绘图，可参考这种：https://github.com/bmansfeld/QTLseqr
回答于 2020-06-01 10:29
测序公司返回的DNA序列，在序列比对时是不是要删除首尾的一些序...
是用一代sanger测序得到的基因序列吗？ 如果是，那你用mega比对完之后，可以适当删除一些不保守的区域：https://www.omicsclass.com/question/832 两个基因放在一起构建进化树，建议你先单独分别多序列比对，再合并：直接链接成super基因就可以；
回答于 2020-05-28 17:39
老师您好，请问怎么从GEO中几万个基因数据中找出几千个想要的基...
GEO数据的下载与表达量，你需要学习一下R语言，可以分析数据：GEO芯片数据挖掘、 GEO芯片数据不同平台标准化
回答于 2020-05-28 09:44