omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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stringtie分析后没有基因名字

MSTRG开头的基因是组装的新基因，没有基因名字的：转录组数据分析，如果不关心新基因，没必要用stringtie组装，转录组分析课程推荐或者扫码二维码：https://ke.qq.com/course/2555374?saleToken=2130390&from=pclink

回答于 2020-05-19 10:41

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哪里得到的这个脚本？使用我们组学大讲堂提供的biolinux 里面安装的软件：https://www.omicsclass.com/article/526

回答于 2020-05-19 10:40

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看提示没问题的，键盘的方向键是不是按错了，你再按按看：

回答于 2020-05-19 10:37

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cox分析原理及结果阶段见：https://www.omicsclass.com/article/1138

回答于 2020-05-18 12:58

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GSEA富集分析，需要差异表达分析的结果才可以分析。基因的相关性分析，可以用TMM分析；表达为0的基因不影响标准化计算，一般我们不关注表达量很低的基因，一般会过滤一下； TMM之后取对数后续分析，我不知道你后续要分析啥不好回答；

回答于 2020-05-18 12:55

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你的问题是什么？有穿插的样品如果做差异分析的话建议剔除

回答于 2020-05-18 12:50

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gffread是linux软件，无法在windows中使用，我们转录组docker镜像中安装了gffread建议学习一下： docker：https://ke.qq.com/course/2202806?saleToken=2099432&from=pclink

回答于 2020-05-18 12:49

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一个基因有多个转录本，相同基因不同转录本之间序列相似度很高，具体选择哪个结果，可选择最好的比对结果；我不知道你的分析目的，不好说怎么选；

回答于 2020-05-18 12:48

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没有安装方法，你可以学习这个课程安装docker：用更好的工具docker：https://ke.qq.com/course/2202806?saleToken=2099432&from=pclink 可解决软件安装问题

回答于 2020-05-18 12:45

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计算的时候是没有p值d，如果你做差异统计检验后可以得到p值；具体计算方法：https://www.omicsclass.com/article/446

回答于 2020-05-18 12:43