课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法的设置原因吗？

全部注释到种是不是过度注释了

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分类：宏基因组

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xun - 电路元件工程师 5天前

bracken原本就是对kraken 的结果的一种修饰,
比如一些只分到genus 的级别的片段,他其实应该分到物种,简单来说braken就是按照贝叶斯算法把这些片段的丰度按比例加到种级别

类似的,具体的工作原理你可以看一下bracken的那个文章

Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, Salzberg SL. 2017. Bracken: estimating species abundance in metagenomics data. PeerJ Computer Science 3:e104 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.104

课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法的设置原因吗？

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