判断GEO芯片数据是双通道还是单通道

GEO芯片数据芯片类型判断

基因芯片分双通道芯片和单通道芯片,GEO数据库上的芯片多数是寡聚核苷酸芯片 对应单通道芯片,但是也有部分芯片数据是属于双通道芯片(cDNA芯片),二者分析方法具有差异,进行数据下载之前要对数据进行了解。

1、搜索到感兴趣的GSE数据之后,查看数据总的介绍,和芯片类型,一般通过相关介绍能了解到大致情况,譬如,进入具体的芯片介绍
attachments-2019-01-n6sCUIDv5c41823ac1b2f.jpg可以看到明显提示信息
attachments-2019-01-mAtc0vp65c41825e50d5a.jpg如不确认,可以选择其中GSE下的一个样品(GSM)进行判断:明显的单通道芯片数据,对应其中一个样品的数据,数据信号强度已经经过标准化并进行了对数转换(log2)

attachments-2019-01-oipd9A5s5c41830ae35ef.jpg2、明显的双通道数据,一般提及cy5 (red 红色 处理样) cy3(green 绿色 对照样)log2Ratio等信息

attachments-2019-01-DYAvdGc55c4184da21f1b.jpg

如上图中就明显提及是cDNA 芯片等,选择一个具体的GSM,可以看到该芯片对应的具体样本信号等信息:明显涉及了两个样本,不同的Channel等信息

attachments-2019-01-JsDplT0W5c4185743fab5.jpg

获取的标准化数据也是log2Ratio

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这类数据和常见的单通道芯片数据的分析方法不同,可以直接基因log2Ratio 进行差异筛选。



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  • 发表于 2019-01-18 15:45
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Daitoue
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