Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

在转录数据进行可变剪切分析中,经常用到一款软件rMATS,这是华人科学家刑毅课题组开发的软件, 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats,结合二代和三代数据,进行可变剪切分析。

attachments-2018-08-7vMJ8x3w5b7fccee57a9d.jpg

1.  lr2rmats的安装 : 安装比较简单,直接git 克隆代码, 设置好PATH的环境变量即可

git clone https://github.com/Xinglab/lr2rmats.git --recursive
cd lr2rmats
make dependencies
make lr2rmats
export PATH=$PATH:$PWD/bin # To permanently modify your PATH, you need to add it to your ~/.profile or ~/.bashrc file. 


2.  软件运行: 该软件的分析流程采用了snakemake开发,非常的方便,可以运行一下测试数据。其中Snakefile 是分析流程, config.yaml 是数据和流程运行参数的配置文件。

snakemake -p --snakefile ./Snakefile --configfile ./config.yaml


3. 流程分析的结果是一个更新的GTF文件,这个文件可以放到常规的rMATS软件中进行分析

  • 发表于 2018-08-24 17:15
  • 阅读 ( 7006 )
  • 分类:转录组

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