5 IsoSeq3分析中用lima去除测序引物和barcode没有结果

在用IsoSeq3分析时

1)ccs --minLength=200 --minReadScore=0.75 --minPredictedAccuracy=0.8 --numThreads=20 --noPolish --minPasses=1 --reportFile=test.ccs_report.txt test.subreads.bam test.ccs.bam 

2)lima test.ccs.bam adapter.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi 

在第二步生成的结果没有test.demux.ccs.bam,但程序也没有报错,请问会有什么原因造成??

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3 个回答

microRNA

这个不好判断,需要看具体的情况

1. 先检查一下第一步ccs 生成的文件,里面有个report 文件吧,看看统计信息。

2. 再检查一下第二步lima 里面有个summary 文件。

可以截个图过来看看。

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yuanzhi0618

好的 ~~老师

老师还有个问题,我看不懂这些文件中每个统计的含义,请问下可以在那里找到这些文件的结果说明文档吗?
下面是CCS report 截图

attachments-2018-11-pAMgVz065bfe2be646632.jpglima的summary文件

attachments-2018-11-dlOvcYfK5bfe2c0cd104c.jpg


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田萧

您好,请问问题解决了么,请问我CCS处理结果得到的ccs.bam中大概有3W条reads,用lima再处理之后只剩了1000+reads,请问是哪里的问题

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  • yuanzhi0618 提出于 2018-11-28 08:51

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