对水稻做GO和KEGG富集分析,如何获取水稻的数据库?

我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候,需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包

我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候,需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包,比如人类的:

attachments-2024-07-KIgl2W7w66878a5022540.png


有一些物种的注释包是能够下载到的,Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包,包含了这些模式物种的GO及KEGG注释信息

attachments-2024-07-7XZH1wGV66878abf69c98.png然而水稻的注释包在Bioconductor是下载不到的,有两种解决办法:

一种是利用AnnotationHub在线检索抓取OrgDb, 但是这些包是用ENTREZID,需要先将RAP-DB或者MSU转为ENTREZID才行,但是在AnnotationHub中进行检索,发现同样找不到水稻的注释库文件,可以使用AnnotationForge自行进行构建,过程较为繁琐,因此在这里我们先不予考虑,第二种方法是下载别人构建好的水稻注释包,通过查找发现了别人构建好的一个水稻注释包资源,可以直接在github上下载,地址:

https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db

install.packages("https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gz", repos = NULL,  type="source")

下载不了的可以直接下载压缩包手动安装。

wget -c https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db/releases/download/v0.01/org.Osativa.eg.db.tar.gz
R CMD INSTALL org.Osativa.eg.db.tar.gz

#直接加载使用就可以

library(org.Osativa.eg.db)
org <-org.Osativa.eg.db
比如进行GO富集:
ego <- enrichGO(rap_id,
        OrgDb = org,
        keyType = "RAP",
        ont="BP")
包的作者的GitHub页面:https://github.com/xuzhougeng/org.Osativa.eg.db
  • 发表于 2024-07-05 14:39
  • 阅读 ( 146 )
  • 分类:R

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