eQTplot包绘图报错解决:“Caused by error in `db_collect()`”

解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题

使用eQTplot包绘图时报错“Caused by error in `db_collect()`”:

attachments-2024-06-9mYsI1fM6680b2e09e851.png


大概查询了一下,应该是eQTplot需要调用dbplyr去查询ensemble数据库,dbplyr的功能描述——远程数据库查询:

attachments-2024-06-dNQrhvnG6680b803e3e32.png


最新版本的dbplyr和BiocFileCache存在不兼容的问题,对此官方也进行了说明:

attachments-2024-06-bKyUChVJ6680b8e2a3eaf.png

因此我们需要降低dbplyr包的版本:

#先删除以前安装的dbplyr
remove.packages("dbplyr")
#重新安装指定版本的dbplyr
devtools::install_version("dbplyr", version = "2.3.4")

问题解决:)

attachments-2024-06-thoBRAqW6680b9c3cdcf1.png


https://stackoverflow.com/questions/77370659/error-failed-to-collect-lazy-table-caused-by-error-in-db-collect-using

  • 发表于 2024-06-30 09:52
  • 阅读 ( 119 )
  • 分类:R

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