使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”
使用BiocManager安装R包时gcc标准报错
使用BiocManager安装Biostrings包的时候报错了：
BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE)
报错信息提示是gcc标准的问题，应该使用C99标准，可以使用withr包指定使用标准：
with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c99"),
+ BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE),
+ assignment = "+=")
"+="会将Makevars文件中的现有变量分配给 PKG_CFLAGS，使用单纯的"="可能会对现有变量进行覆盖，如果家目录下没有Makevars文件可以进行创建：
mkdir .R vi Makevars
然后在Makevars文件中键入：
CC = gcc -std=c99
然后重启R，就可以直接以c99标准编译R包，直接安装：
BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE)
但是这种方法会改变gcc标准的全局变量，如果只是安装单个R包还是建议第一个方法。
参考内容：https://stackoverflow.com/questions/35198301/how-use-the-option-std-c99-for-installing-r-packages
- 发表于 2024-01-26 10:52
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- 分类：R
