使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

使用BiocManager安装R包时gcc标准报错

使用BiocManager安装Biostrings包的时候报错了:

BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE)

attachments-2024-01-QpFwIzPJ65b31428b08f1.png报错信息提示是gcc标准的问题,应该使用C99标准,可以使用withr包指定使用标准:

with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c99"),
+ BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE),
+ assignment = "+=")

"+="会将Makevars文件中的现有变量分配给 PKG_CFLAGS,使用单纯的"="可能会对现有变量进行覆盖,如果家目录下没有Makevars文件可以进行创建:

mkdir .R
vi Makevars

然后在Makevars文件中键入:

CC = gcc -std=c99

然后重启R,就可以直接以c99标准编译R包,直接安装:

BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE)

但是这种方法会改变gcc标准的全局变量,如果只是安装单个R包还是建议第一个方法。

参考内容:https://stackoverflow.com/questions/35198301/how-use-the-option-std-c99-for-installing-r-packages

  • 发表于 2024-01-26 10:52
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  • 分类:R

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