有参转录组比对

attachments-2021-07-bNdnCcO360e3e5d56f3dc.pngattachments-2021-07-2wrLY3sM60e3e59e2eab0.png进行有参比对时,输入文件不为空,但是比对后的sam文件为空,这是啥原因。另外测序为单端测序,是否链式未知(公共数据库)。attachments-2021-07-zrRe07GH60e3e6df59085.png

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

hisat单端数据用 -U  而不是 -1  你修改下:http://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/ attachments-2021-07-R0fMfZHx60e3f35e9b944.png

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留意

attachments-2021-07-3Z04EYWO60e426a88d781.png结果一样呀

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